不论是早稻还是晚稻，抽穗前后一般都是多种病虫害的发生危害期，需要使用化学农药防治，但在这个生育期施药，有些很容易造成药害，造成不应有的损失，值得引起注意。
三唑酮水稻抽穗前，常会有稻瘟病、白叶枯病危害，常用三唑酮防治，但使用不当，会导致水稻叶片短小、严重时不能抽穗。三唑酮类杀菌剂防治病害的机制是抑制真菌体内单加氧酶的活性，破坏麦角甾醇生物合成，导致细胞膜损伤而死亡。它同样也能抑制植物体内赤霉素生物合成，使促进细胞伸长的赤霉素不能合成，从而使植物矮化，叶片、果实短小。
烯唑醇在晚稻抽穗初期，常用烯唑醇之类的农药如12%井•烯唑可湿性粉剂防治稻曲病，药剂超量，容易出现晚稻抽穗困难，或者穗子抽出一半就会停止的现象。在水稻破口期或破口抽穗初期使用曲纹星、禾果利等含烯唑醇的农药后，大面积水稻出现不同程度的药物反应，水稻穗颈节间生长受到影响，出现“包颈”现象，不能正常抽穗。发生药害后，及早喷施赤霉素有一定的解害作用，一般每亩用2克九二O，加水50公斤喷施。
砷制剂在水稻上不当使用会对水稻产生药害，不结实或结实率下降。目前生产上一般选用三环唑、稻瘟灵、咪鲜胺等药剂防治稻瘟病，多次用药时最好交替使用这些药剂。
唑类杀菌剂水稻抽穗前后慎用咪唑类杀菌剂，用好了，防病增多；用不好，将影响抽穗灌浆。已唑醇与井冈霉素的复配剂如纹肃等，丙环唑、烯唑醇、噻呋酰胺单剂如敌力特、禾果利、满穗等，这些药持效期一般可达到15天以上，用于防治水稻纹枯病效果好。需要注意的是，戊唑醇、烯唑醇、已唑醇、丙环唑等唑类杀菌剂会抑制水稻体内赤霉素的形成，在水稻上部节间拔长期使用，特别是加量使用时，可能抑制节间拔长，导致抽穗困难，影响水稻灌浆结实。
草甘膦水稻孕穗期误喷草甘膦危害大。误将草甘膦施入杂交稻田，可导致水稻大面积受害，成片稻田不能正常抽穗，产量损失80%~100%。草甘膦属内吸传导型灭生性除草剂。幼穗分化部位易产生药害，造成心叶枯死、幼穗畸形等症状。稻田误喷草甘膦出现药害后及时喷施适量赤霉素和磷酸二氢钾，可在一定程度上促进幼穗生长发育，7天后可再喷施适量尿素。一般在水稻分蘖盛期、幼穗分化初期补救效果较好；到孕穗期，尤其是孕穗后期受药害，穗轴基部变褐坏死，补救效果差。
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